- 제1대총장
- 최순직 신학박사
- 1999.03 - 2000.02
- 제2대총장
- 차영배 신학박사
- 2000.02 - 2004.02
- 제3대총장
- 권정희 목회학박사
- 2004.02 - 2004.10
- 제4대총장
- 노왈수 신학박사
- 2004.10 - 2008.02
- 제5대총장
- 박형용 신학박사
- 2008.02 - 2012.02
- 제6대총장
- 노왈수 신학박사
- 2012.02 - 2014.02
- 제7대총장
- 권호덕 신학박사
- 2014.02 - 2017.02
- 제8대총장
- 최흥식 철학박사
- 2017.03 - 2019.02
- 제9대총장
- 현유광 철학박사
- 2019.03 - 2022.02
